Eiropas Komisija (EK) šogad ierosinājusi un turpinājusi jau uzsāktās pārkāpuma procedūras pret vairākām ES dalībvalstīm, tai skaitā Latviju. Argumentēts atzinums Latvijai par nepareizu Natura 2000 teritoriju noteikšanu. Latvija nav veikusi visus nepieciešamos pasākumus, lai aizsargātu un apsaimniekotu savas Natura 2000 teritorijas un tādējādi ievērotu Biotopu direktīvā noteiktos pienākumus, tāpat Latvija nav pareizi noteikusi visas Natura 2000 teritorijas, turklāt papildus tam Latvija nav noteikusi visām Natura 2000 teritorijām specifiskus saglabāšanas mērķus un nepieciešamos saglabāšanas pasākumus, lai nodrošinātu efektīvu Natura 2000 aizsardzību un atjaunošanu. Latvijai divu mēnešu laikā ir jāveic nepieciešamie pasākumi, lai uzlabotu situāciju, pretējā gadījumā EK var lemt par lietas nodošanu Eiropas Savienības Tiesai. Savukārt Maltu EK aicinājusi pārtraukt žubīšu ķeršanu slazdos, tostarp pētniecības nolūkos.
EK ir nosūtījusi oficiālo brīdinājuma vēstuli Latvijai un vēl 17 ES dalībvalstīm par to, ka neviena no 18 dalībvalstīm nav spējusi izveidot, ieviest un informēt EK par rīcības plānu vai rīcības plānu kopumu, lai pārvaldītu invazīvo svešzemju sugu neapzinātas ieviešanas un izplatīšanas ceļus.
EK ir uzsākusi pārkāpuma procedūru pret Igauniju, norādot, ka tās nacionālie tiesību akti ir pretrunā Biotopu direktīvas un Eiropas parlamenta un padomes 2001. gada 27. jūnija direktīvas 2001/42/EK par noteiktu plānu un programmu ietekmi uz vidi novērtējumu prasībām. Latvijā, līdzīgi kā Igaunijā, normatīvajos aktos nav tieši noteikts atsevišķs izvērtējums par mežsaimnieciskās darbības ietekmi uz Natura 2000 teritoriju pirms ciršanas atļauju izdošanas, un tas ir pretrunā Biotopu direktīvas prasībām.